心理学家西格曾经是“莫扎特效应”怀疑论者，他用不同的空间推理能力测试来反驳“莫扎特效应”的存在。在测试中，受测试者要看着两个位置不同的E，其中一个字母被旋转成倾斜的位置与另一个相比较，倾斜角度越大，就越难在极短的时间里判断字母的同异。根据受试者的判断时间长短(毫秒)来测试空间推理能力，“莫扎特”组的测试成绩出乎意料的好。值得注意的是，在所有这些测试中，为了保证一致性，都采用莫扎特D大调钢琴奏鸣曲。当时，一个不可回避的问题就是，难道别的音乐家的作品不能用作测试?

最新研究成果解答了这些疑问。伊利诺斯大学医疗中心的神经生物学家胡格与音乐学教授进行了仔细分析。他们设定了一个标准，计算音乐的音量10秒钟或更长的时间里的起落频率。在这项测试中，流行乐和其他音乐得分最低，而莫扎特作品的得分要高出两三倍。胡格预言，20至30秒的重复频率对大脑影响最为明显，因为中枢神经的许多功能也是以30秒左右的频率运行的，在音乐分析中很巧合地发现，莫扎特的音乐韵律差不多每30秒达到高峰。

日本量子力学科学家江本胜通过测试，发现中国古典音乐要胜过莫扎特的，只是尚未流行于世界。比如水的结晶试验，即是水处在古典音乐环境中能结出极其美丽的图案，而在流行音乐和其他音乐往往结出十分难看的图案。

1993年，科学家提出了一项惊人的发现，听莫扎特音乐可以使人变得更聪颖，但是到现在，这种说法引起了很大的争议。

很多专家认为啮齿动物喜欢古典音乐，因此，科学家在三个实验室分别进行试验，证明莫扎特音乐在啮齿动物身上的确起作用。研究发现莫扎特的音乐改变了老鼠的表现，使其行为变得混乱，随之体内产生生物化学变化。大部分专家认为通过上述的试验，已经可以确定所谓的“莫扎特效应”拥有确凿的证据。

但是，一些研究者认为这种观点是完全错误的，尽管他们的观点没有影响莫扎特CD光盘的市场。激烈的争论依然继续，可以肯定的是这种争论不会停止。

一些持反对意见的人称，老鼠其实不能听见任何声音，更何况是莫扎特的音乐。莫扎特音乐的音频对老鼠来说太低了，它们根本听不到。

曾经参与研究人类学的科学家在老鼠处于胚胎发育期距出生日期60天时进行试验，结果显示，听莫扎特音乐的幼鼠成长为成年老鼠的速度比听轻音乐的幼鼠快，并且患病的几率更少。其他不相信的科学家，采取了同样方法再次试验，发现结论几乎相同。但是，两次试验有不同点，它们的区别在于进行第二次试验的科学家发现老鼠的这种的改变是因为分子水平的增加和“神经系统的可塑性”。还有一些科学家对上述第一次试验使用的老鼠身体各项平均数值产生了怀疑，经核对，提供最终结论的老鼠组比其他组的体重沉，这有可能使它们的幼仔成熟得更好。

实际上，最主要的问题是老鼠幼仔听不到大部分莫扎特音乐，成年老鼠则完全听不到。老鼠基本上聋子。那么，莫扎特音乐如何起作用。

对于种种疑问，仍有一些科学家坚持音乐可以影响啮齿动物的行为、大脑机能、免疫能力和血压;老鼠可能听得到高频率的音乐;甚至有科学家提出老鼠可以感觉到音乐即使它们听不到。

《莫扎特A大调第十一号钢琴奏鸣曲》-郎朗演奏